有许多方法标记寡聚核苷酸，使其带有荧光。依据其光谱需求，标记的选择多元化。5-荧光素-CE-亚磷酰胺，来源于6-羧基荧光素单一异构体。5’-六氯荧光素氨基磷酸酯(HEX)和5‘-四氯荧光素氨基磷酸酯都可以在5-位高效的用于寡聚核苷酸标记。用荧光素标记多聚糖3~-位可以获得 4’-Fluorescein CPGs。使用任何这类产品的荧光素标记的寡核苷酸都可以在氢氧化铵标准裂解条件下去保护。