各种花青5.5（Cy5.5）染料已用于标记生物分子，用于荧光成像和其他基于荧光的生化分析。 它们广泛用于标记肽，蛋白质和寡核苷酸等。Cy5.5染料是最常见的红色荧光团中的一种。 Cy5.5酰肼与羰基反应。