染料修饰的脱氧尿苷5'-三磷酸（例如氨基烯丙基dUTP）可用于通过常规酶促掺入方法（例如逆转录，切口平移，随机引物标记或PCR）产生含染料的DNA。该酶荧光标记方法广泛用于FISH探针和基于微阵列的实验。该TMR-dUTP缀合物可用作具有Spectrum Orange®过滤器组的橙色荧光颜色（Spectrum Orange®是Vysis的商标）。