它广泛用于荧光显微镜。由于DAPI可以通过完整的细胞膜，它可用于除固定细胞外的活细胞染色。对于荧光显微镜，DAPI被紫外光线激发。当与双链DNA结合时，其*吸收在358nm，其发射*值在461nm。DAPI也与RNA结合，但是它不像它与DNA结合时那样强烈地发荧光。 当与RNA结合时，其发射偏移至约500nm .DAPI的蓝色发射便于多重测定，因为DAPI与荧光素和绿色荧光蛋白（GFP）等绿色荧光分子或红色荧光染料之间的荧光重叠非常少。